در روز 25 خرداد می‌شد از این موقعیت استفاده کرد و ایران و جمهوری اسلامی را وارد فضای تازه‌ای کرد! خاتمی رسما رهبری جنبش سبز را برعهده گرفت.پس از اختلاف میان کروبی و موسوی و خاتمی بر سر تعیین مواضع، اخبار و تحلیل های آشکار نشان می دهد که موسوی و کروبی پذیرفتند که با عقب نشینی از برخی خواسته های خود، رهبری بخشی از بدنه جریان سبز را به خاتمی واگذار کنند و از ظرفیت خاتمی و مجموعه گروههای وابسته به بنیاد باران بیشترین استفاده را ببرند.
به گزارش جهان آخرین اختلاف خاتمی با موسوی و کروبی مربوط می شود به راه پیمائی 22 و 25 خرداد، که خاتمی صراحتا با برگزاری راه پیمائی مخالفت کرده بود و موسوی و کروبی را تهدید کرد که در صورن برگزاری چنین مراسمی طی بیانیه ای راه خود را از ایندو جدا می کند.
موسوی و بعد از او کروبی پذیرفتند که باید مطالبات خود را از طرق مدنی دنبال کنند و به خیابان کشیدن مردم هزینه های زیادی برای طرفداران خود دارند.از اینرو روز گذشته موسوی در بیانیه ای رسما با عقب نشینی از کف خیابان ها، منشور جدیدی برای رفتار های اپوزیسیون قانونی و مدنی تدوین و ارائه کرد.
به این ترتیب خاتمی که تا به امروز نسبت به رفتار کروبی و موسوی انتقاد داشت، پس از به کرسی نشاندن حرف خود رسما وارد بازی شد.
وی که تا پیش از این از عنوان جنبش سبز و یا صراحتا تقلب اسم نبرده بود در سالگرد راه پیمائی 25 خرداد در میان جمعی از جوانان اصلاح طلب به بیان مطالبات جنبش سبز پرداخت و پس از ماهها در نقش رهبری سبزها وارد شد و سخنان ساختار شکنانه به زبان آورد.اگر چه بسیاری از آگاهان سیاسی معتقدند که یکی از نقاط ضعف خاتمی، ترس وی است و بدون شک او با اولین واکنش نظام به سخنانش عقب نشینی می کند و مجددا چند به لاک خود فرو می رود.
در همین رابطه خاتمی در دیدار با اعضای شورای مرکزی سازمان جوانان و دانشگاهیان حزب اعتماد ملی با اشاره به راه پیمائی طرفداران موسوی برای اعتراض به نتایج انتخابات در 25 خرداد 88 گفت: 25خرداد روز بزرگی است چرا که این روز نسبتی با انتخاب و انتخابات دارد.
وی ادامه داد: 25 خرداد یکی از روزهای با شکوه حضور خود جوش انبوه مردم در عرصه، با مدنی‌ترین شیوه‌ای که ما بتوانیم آن را تصور کنیم است و نشانه رشد کشور ماست که با کمال آرامش و بدون تنشی، بدون سازماندهی این جمعیت به صحنه آمد و حضور رشیدانه خود را اعلام کرد.
وی اظهار داشت: در روز 25 خرداد می‌شد از این موقعیت استفاده کرد و ایران و جمهوری اسلامی را وارد فضای تازه‌ای کرد که با حضور و محوریت مردم و اعتماد به آنها بتوانیم به سوی قله‌های پیشرفت حرکت بکنبم که متاسفانه اینگونه نشد و برخوردهای نامناسبی صورت گرفت که ما هنوز هم ما داریم تاوان این مساله را می‌دهیم.